马耳他作为欧盟成员国和申根区的一部分，其签证政策与申根协议紧密相关。针对持有马耳他D类签证（长期停留签证）的人员能否自由出入其他申根国家的问题，需要结合申根区的法律框架和实际操作进行具体分析。
根据申根协议，D类签证通常指允许持有人在签发国长期居留（超过90天）的签证类型，例如留学、工作或家庭团聚等目的。马耳他签发的D类签证本身并不等同于申根签证，但其持有人在一定条件下可能享有申根区的通行权。具体而言，若D类签证持有人已成功在马耳他激活居留许可（ResidencePermit），则可凭有效居留卡免签进入其他申根国家，但需遵守“每180天内累计停留不超过90天”的短期旅行规则。这意味着，持有马耳他居留许可的人员可以在申根区内自由流动，但长期居留或工作仍需获得目的地国家的单独许可。
值得注意的是，D类签证在未转换为正式居留许可前，其通行权可能受到限制。例如，持D签首次入境马耳他时，若尚未完成居留登记手续，直接前往其他申根国家可能被视为违反签证条款。此外，部分申根国家对D类签证持有人的过境或短期停留可能存在额外要求，如出示行程证明、住宿预订或经济担保等文件。
对于计划在申根区多国活动的申请人，更稳妥的方式是提前申请申根C类短期签证，而非完全依赖D类签证的通行权限。同时，欧盟边境管理部门建议旅行前通过官方渠道确认最新政策，避免因规则变动导致行程受阻。实际操作中，建议与马耳他移民局或目的地国使领馆核实具体要求，确保符合法律规范。
