在日本行政体系中，负责外国人入境、居留及移民管理事务的核心部门是法务省下属的出入国在留管理厅（ImmigrationServicesAgency，简称ISA）。这一机构成立于2019年4月，由原法务省入国管理局升格改组而来，其成立背景与日本社会面临的人口老龄化、劳动力短缺以及外国人居留管理复杂化的现实需求密切相关。作为日本移民政策的实际执行机构，出入国在留管理厅的职能覆盖了从签证审核、在留资格审批到打击非法滞留等全链条的涉外管理事务。
出入国在留管理厅的核心业务可分为四大板块：是出入境审查，即通过海关和机场等口岸对入境者的身份、签证有效性进行核查；其次是在留资格管理，包括留学、工作、技术研修等长期居留资格的签发、变更与更新；第三是难民认定，负责受理并审核因战争、迫害等原因寻求庇护的申请；最后是执法监督，对非法滞留、非法务工等行为实施调查与遣返程序。值得注意的是，日本虽未在法律上明确承认"移民"概念，但随着《出入国管理及难民认定法》的数次修订，该机构在实际操作中已逐步承担起类似移民管理的职能，尤其是2019年新设的"特定技能"签证制度，标志着日本在引进外籍劳动力政策上的重大转向。
在组织结构上，出入国在留管理厅下设总务、审查、审判、警备等六个部门，并在全国主要城市设有八个地方支局（如东京、大阪、名古屋入国管理局），同时依托法务省的地方分支与警察厅建立信息共享机制。近年来，该机构正加速数字化改革，计划通过生物信息识别系统和大数据平台提升审查效率。不过，因其严格的审查标准和繁琐的续签程序，该机构也常被外国居民视为与日本社会融合过程中必须面对的行政壁垒。
