坐落于地中海中心，马耳他护照的审理与签发主要由该国政府内政与国家安全部下属的专门机构负责。具体而言，马耳他护照办公室（MaltaPassportOffice）是处理护照申请、续签及公民身份相关事务的核心部门，其总部位于首都瓦莱塔（Valletta）的埃万杰里斯托·谢贝拉斯街（EvangelistouScholariStreet）。该机构直接隶属于马耳他身份管理局（IdentityMalta），与负责投资入籍计划的马耳他个人投资者计划管理机构（MIIPA）在流程上存在协同关系，但职能分工明确。
对于通过投资入籍（MEIN）计划申请马耳他公民身份的人士，其资格审查与入籍审批由马耳他社区机构（CommunityMaltaAgency,前身为MIIPA）主导，办公地址位于瓦莱塔的卡斯蒂利亚广场（CastillePlace）。成功获得公民身份后，申请人需通过护照办公室完成最终的护照签发手续。值得注意的是，马耳他地方市政厅（LocalCouncil）也参与部分材料的初步审核与公证，形成多层级的审理体系。
申请者可通过身份管理局官方网站（identitymalta.gov.mt）或社区机构官网（communitymalta.gov.mt）获取最新申请指南，亦可通过电子邮件（passport.identitymalta@gov.mt）或电话（+35625904800）联系官方机构核实审理进度。实际办理中，多数流程需通过授权的法律代表递交材料，个人直接访问审理机构需提前预约。近年已有数字化申请渠道逐步开放，但涉及生物信息采集的环节仍需前往指定办事处完成。
